Ο στόχος και σκοπός της Ε.Ε.3 είναι να σχεδιαστεί και να αναπτυχθεί μια πρωτότυπη πιλοτική υπηρεσία ιστού που να επιτρέπει σε απομακρυσμένους χρήστες να υποβάλουν βιομοντέλα βιολογικών δικτύων τα οποία βρίσκονται σε SBML (Systems Biology Markup Language) [6] μορφή, μαζί με επιθυμητές παραμέτρους για στοχαστική προσομοίωση αυτών πάνω στα συστήματα σε ψηφίδα (System on Chip – SoC) υλοποιημένα για συσκευές FPGA που αναπτύξαμε για την Ε.Ε.1. Τα υποβληθέντα αρχεία SBML θα πρέπει να αναλύθούν και στη συνέχεια να ξεκινήσουν στοχαστικές προσομοιώσεις στο FPGA υλικό, είτε σε SSIP (Single Simulation in Parallel) είτε σε MSIP (Multiple Simulations In Parallel) τύπο λειτουργίας. Μετά την ολοκλήρωση της προσομοίωσης, ο διακομιστής (server) θα πρέπει να επιστρέφει πίσω τα αποτελέσματα στους χρήστες για περαιτέρω ανάλυση. Ένας τέτοιος διακομιστής δεν υπήρχε μέχρι σήμερα και αποτελεί παγκόσμια πρωτοτυπία και πολύ χρήσιμη υπηρεσία για τη επιστημονική κοινότητα της συστημικής βιολογίας καθώς θα επιτρέπει την αποδοτική και επιταχυνόμενη στοχαστική προσομοίωση αληθινών βιομοντέλων σε μορφή SBML χωρίς ο χρήστης να χρειαστεί να ρυθμίσει, πόσο μάλλον να διαθέτει γρήγορους πολύ-νηματικούς επεξεργαστές ή σύμπλεγμα αυτών ή κατάλληλο SoC στοχαστικής προσομοίωσης πάνω στο FPGA υλικό. Όπως δείξαμε και στη Δράση 1.3, τα SoC στοχαστικής προσομοίωσης που σχεδιάσαμε και υλοποιήσαμε για συσκευές FPGA που εκτελούν προσομοιώσεις βιολογικών συστημάτων πολύ πιο αποδοτικά από οποιοδήποτε άλλο λογισμικό προσομοίωσης όπως π.χ το COPASI.
